通過消毒 (有時稱為衛生化處理) 可將市政污泥中的致病微生物致死或失活，這樣可以安全儲存和回收利用。

此時可采用熱處理工藝和化學處理工藝，例如摻混石灰。在采用熱處理工藝時，污泥在不同溫度情況下需要不同長度的處理時間，例如在70 °C 時處理時間是 30 分鐘 或者在 55 °C時需要一天時間。在對液態污泥進行熱法消毒 (巴氏消毒) 時，可以在生物穩定化過程中或之前進行。污泥則可在熱干化過程中進行消毒處理。

在對液態污泥進行消毒時，大多數輸入的熱能可以通過污泥/污泥-熱交換器重新回收。為了防止熱交換器不受堵塞，我們建議在熱交換器前安裝HUBER公司的 Strainpress? 故障物質分離裝置， 可將污泥中的故障物質可靠穩定地分離取出，同時進行壓榨處理。

在 HUBER 公司的 中溫帶式干化裝置BT 內, , 市政污泥不僅可被干化處理, 因為足夠的溫度和停留時間還可被消毒處理。我們最近在一套大型裝置的運轉可以證明, 污泥停留時間為30 分鐘時溫度高于70 °C。